Suite à l'énergie du cristal de l'eau, Lionel devient l'émissaire de Jor-El, et reçoit toutes les connaissances de la planète Krypton.
Après la seconde pluie de météorites qui s'est abattu à Smallville, Lionel grave un symbole Kryptonien sur le plancher du bureau du Manoir sous le regard inquiet de Lana. Dans un état de transe, il dit à Lana que les disciples de Zod, sont venu et doivent être arrêté, et lui dit laconiquement que "leur maison est leur poison", donnant à Lana l'information qui permettra d'arrêter le Kryptoniens. Dans la soirée, il est envoyé à Belle Reve, en raison de son état de non réponse, ses yeux vides et sa création de nombreux symboles Kryptoniens.
Après que Clark ait été tué par balle par Gabriel Duncan, Jor-El, qui a pris posséssion d'un Lionel catatonique, éclate la vitre de sa cellule et récupère le corps de Clark pour le ramener à la Forteresse de Solitude, où Jor-El ressuscite Clark en lui restaurant ses pouvoirs. Jor-El dit à Clark qu'il l'aime, espérant un jour, Clark apprendra à l'appeler "père". Il l'averti également qu'en lui redonnant ses pouvoirs, il y aura des conséquence et que l'un de ses proches va mourir.
Plus tard, Lionel se présente au Manoir, complètement sain et conscient, et nie avoir de la mémoire sur ce qui s'est passé lors de la pluie de météorites. Lionel continue d'avoir sa personnalité normale, et donne des conseils astucieux à Chloé sur le fait d'empecher Lex de gagner la course sénatoriale contre Jonathan, et des infos sur le professeur Milton Fine.
En tant qu'oracle, Lionel reçoit fréquemment des messages sous forme de symboles Kryptoniens à laquelle il devrait les transmettres à Clark. Avec chaque message, il écrit les symboles sur des feuilles de papier, et place le tout dans un coffre-fort dans son bureau à LuthorCorp. Chaque fois qu'il en reçoit un, Lionel est surmonté avec un mal de tête, se laissant tomber à genoux et commence à griffonner frénétiquement le message sur papier.
Après que Jonathan a remporté les élections, Lionel lui demande un partenariat, mais il est refusé. Il menace alors de publier des photos compromettantes de Clark en train d'utiliser ses pouvoirs, provoquant la colère de Jonathan et, entraînant ainsi une crise cardiaque fatale.
Temporairement, Lionel retourne à son statut de chef de direction de LuthorCorp, mais il est soumis au chantage de Lex concernant des preuves le reliant à la crise cardiaque de Jonathan.
Avec Jonathan décédé, Lionel essaye d'être un ami de Martha, surtout depuis qu'elle a repris le poste de Sénatrice de l'État. Au fur et à mesure que le temps passe, il lui envoi en secret un dvd avec des images de Clark utilisant ses pouvoirs. Plus tard, tout en regardant le film, Lionel se dit lui-même que le secret de Kal-El est en sécurité avec lui.
Lionel continue d'effectué son travail à LuthorCorp, mais seulement à un endroit où il ne serait pas prendre le contrôle total de celui-ci.
Un bourreau masqué, Lincoln Cole, prend en otage Lionel et orchestre une série de jeux élaborés qu'il doit impérativement gagner pour rester en vie. Cole introduit plus tard, Martha pour tourmenter encore plus Lionel. Quand il arrive à son dernier jeu, il explique le règle qui est : que l'un d'entre eux tue l'autre avec une arme à feu. Lionel plaide que Martha le tue, mais elle peut pas s'y résoudre à le faire. Quand Lionel essaye de se tirer lui-même une balle, il s'avère que l'arme n'est pas chargée. Ils sont par la suite, en chute libre jusqu'à ce qu'ils soit secourus par Clark.
Quand Clark se rend compte que Lionel connait son secret, il le confronte et apprent comment il le sait. Apparemment, Lionel sait beaucoup de choses sur Clark à partir du jour où il a créé la Forteresse de Solitude. Lionel dit ensuite à Clark qu'il veut que ce qui est le mieux pour lui et sa mère, mais Clark ne le croit pas et lui dit de rester à l'écart. Après que Clark soit parti, Lionel a une nouvelle canalisation avec Jor-El et commence à griffonner des symboles Kryptonien.
Tandis que Lionel n'a pas réussi à convaincre Lex de travailler avec Milton Fine, il a un nouveau acheminé avec Jor-El et griffonne un autre message Kryptonien sur le papier. Quand l'esprit de Jonathan Kent (qui est en fait Brainiac) tente de convaincre Clark de tuer Lionel, celui-ci lui rappelle que son père ne lui demanderait jamais d'enlever une vie. Une fois que Clark réalise ce qu'il fait, il combat Brainiac, et Lionel se remet en canalisation avec Jor-El qui, avec une seule touche, vaporise un des doubles de Brainiac. Dès que Brainiac est parti, Lionel revient à lui sans aucun souvenir de ce qui s'est passé. Plus tard, il montre à Clark sa voûte de symboles Kryptoniens que ni lui ni Clark peuvent décrypter. Ils unissent leurs forces pour arrêter Brainiac et Lex, et Chloé numérise les symboles dans son ordinateur.
Plus tard, Lionel va voir Martha pour expliquer ce qui s'est passé avec Jonathan la nuit de sa mort. Dans l'intervalle, l'ordinateur de Chloé a compilé les gribouillis en trois symboles Kryptoniens, qui, une fois traduit, se lisent comme "Zod arrive bientot".
Le lendemain, Lionel propose à Martha et Lois d'emprunter son jet de LuthorCorp pour se rendre à une conférence à Washington D.C. Ensuite, il confronte Clark avec un autre message de Jor-El. Il demande à Clark ce qu'il veut dire, et Clark lui dit qu'il doit détruire l'hote pour éviter de libéré Zod. Lionel dit à Clark que le plus grand test de tous les héros est dans l'intérêt de l'humanité, même si cela signifie la réalisation d'un acte mauvais, mais quand Clark lui dit que Lex était l'hote humain de Zod, Lionel va trouver Lex.
Une fois qu'il le fait, il est témoin du fait que Lex possède des pouvoirs Kryptonien, lorsque ce dernier jette son père sur le capot de sa voiture. Lionel raconte à Clark sa rencontre avec Lex, et quand Métropolis éclate en émeute à cause d'une panne de courant puissante causée par Brainiac, il dit à Chloé de monter dans sa limousine, mais ils sont attaqués par la foule en colère.