Le spectre de Jonathan apparait à la ferme afin de consoler Clark après sa confrontation avec Jor-El. Jonathan lui dit qu'il sera un super-héros, mais qu'il faut d'abord surmonter sa colère, et dit que Jor-El a raison sur le fait qu'un force sombre va arriver. Clark lui demande qu'elle est cette force, mais quand il se retourne, Jonathan a disparu.
Après que Brainiac, reprogrammé en Brainiac 5 ai montré le futur et le passé de Clark, celui-ci, vêtu de son costume de Flou, se rend à la tombe de Jonathan, où il admet qu'il a été incapable de laisser le passé, et de lui. Il dit aussi qu'il gardera toujours Smallville dans son cœur et déclare qu'il est temps pour lui de passer à autre chose. Il prend la vieille montre de son père puis l'enterre et lui dit un dernier "au revoir", promettant de devenir l'homme qu'il a toujours voulu qu'il soit.
Quand Martha revient à la ferme pour le mariage de Clark et Lois, elle aperçoit sur une photo le visage de Jonathan. Elle discute ensuite avec Clark à propos de la vente de la ferme et sur Jonathan. Martha dit que Jonathan est avec eux deux et Clark peut le voir aussi s'il se laisse faire. Clark explique qu'il va de l'avant. Lorsqu'il quitte la maison, en déclarant qu'il faut se débarrasser du passé pour aller de l'avant, le fantôme de Jonathan est dans la maison, l'air triste sur la décision de son fils.
Clark, confus, visite la tombe de Jonathan où l'esprit de Jonathan apparait. Il essaye de convaincre Clark de ne pas laisser le passé derrière et de les laisser être là pour lui. Il apparait plus tard au mariage, hochant la tête vers lui alors qu'il marche dans l'allée, puis, invisible à quelqu'un d'autre, prend place à côté de Martha pour assisté au mariage.
Lorsque Apokolips se dirige droit sur la Terre, Jonathan parle à Clark dans la grange et lui dit de laisser Jor-El le guider, car il commence un nouveau chapitre de sa vie. Martha arrive et réconforte Clark. Les Kent sont réunis pendat qu'Apokolips se rapproche de plus en plus. Clark s'en va affronter la menace tandis que Jonathan et Martha regardent la planète.
Après avoir vaincu Darkseid, Clark se rend à la Forteresse où Jonathan lui remet le costume, lui disant de toujours tenir à Smallville. Il donne fièrement à son fils le costume que Martha lui a fait, puis s'envole, acceptant son destin.