Dans la Zone Fantôme, Clark se retrouve impuissant et entouré par d'êtres mortels emprisonnés par Jor-El. Il fait la connaissance de Raya, une kryptonienne qui fut pendant un temps l'une des assistantes de Jor-El. Raya aide Clark à s'échapper juste à temps pour sauver Martha et Lionel. Clark affronte Lex/Zod et, après un combat brutal, utilise le Cristal de Raya pour séparer Zod de Lex et le renvoyer dans la Zone Fantôme.
Après la catastrophe du jeudi noir, Clark reconstruit les dégâts que Zod a fait, en travaillant plusieurs nuits d'affilée. Il commence à se sentir fatigué et tombe malade et éternue si fort qu'il souffle la porte de la grange hors de ses gonds et atteint presque Loïs lorsqu'elle fait son jogging matinal. Avec son éternuement, Clark élabore un nouveau pouvoir: le super-souffle et l'utilise pour sauver Lex et Lana d'un laboratoire en feu.
Clark découvre que l'Archer Vert est en réalité Oliver Queen et lui révèle ses pouvoirs à ce dernier. Clark et Chloé empêchent Loïs de découvrir la véritable identité de l'Archer Vert et plus tard, avec l'aide de Chloé, Clark apprend qu'il y a des "Zoner" de la Zone Fantôme dans d'autres parties du monde et que Raya s'est également échappé de la Zone. Clark a pour objectif de reprendre tous les fugitifs et dans sa quête combat une étrangère de sexe féminin nommée Gloria et est très dangereuses et cannibale.
Lorsque Raya trouve Clark, elle lui dit qu'il doit compléter sa formation avec Jor-El pour sauver la Terre de l'extinction. Ensemble, ils se battent contre Baern, mais pendant la bataille, Baern tue Raya. Après avoir vaincu Baern, Clark décide de commencer sa formation après l'envoi de tous les Zoner vers la Zone Fantôme.
En raison de l'absence de Jonathan et de Raya, Clark dit à sa mère qu'il ne se sent pas très reconnaissants, mais Martha insiste d'inviter leurs plus proches amis à dîner pour thanksgiving. Il découvre également qu'Oliver prend des médicaments pour accélérer la guérison, mais provoque aussi un comportement erratique et agressif. Clark plaide sans succès Oliver de s'arrêter et fini par utiliser le médicament pour sauver Lex. Oliver est convenablement réprimandé et rejoint les Kent pour le dîner de Thanksgiving, avec Lionel, Chloé et Loïs.
Clark trouve Javier Ramirez réfugiant dans la grange après avoir fait une fugue de la Ferme McNally. Témoignant de l'empathie avec la situation de Javier, il convainc Martha de le laisser retrouver sa mère et les aide à rester dans le pays.
Clark apprend par Chloé que Lana peut être encore amoureuse de lui. Trop excité, il se précipite au manoir des Luthor pour la voir, mais il fait face à Lex. Ce dernier lui refuse l'accès. Il dit à Clark que Lana est enceinte de son enfant. Lana vient le voir son loft pour lui parler, mais il lui dit que tout a changé. Il aide aussi Oliver à garder son secret de Loïs et alors, se déguise en Archer Vert, et reçoit son tout premier baiser avec Loïs.
Clark rencontre de nouveau Bart Allen, mais quand Bart est capturé par Lex, il apprend qu'Oliver a réuni une équipe de surhommes pour arrêter Lex et le projet 33.1. Clark va sauver Bart, mais il est frappé d'incapacité par la Kryptonite verte. L'Archer Vert le sauve et Clark rejoint les autres héros dans leurs efforts pour faire sauter l'installation. Oliver demande à Clark de rejoindre l'équipe, mais Clark lui dit qu'il est obligé de d'arrêter les Zoner.
Un zoner de la Zone Fantôme, le Dr Hudson, attaque Clark et lui fait croire qu'il est un malade mental sans super-pouvoirs. Clark réussi à se libérer de son délire, avec l'aide du Martian Manhunter, l'entité mystérieuse qui l'a sauvé d'Aldar ainsi que Shelby dont les aboiements continuent.
Après un cœur brisé, Loïs essaye du rouge à lèvres à base de Kryptonite rouge lors de la fête de la Saint Valentin. Elle s'éprend avec Clark. Loïs l'embrasse, causant Clark à émerger. Clark et Loïs s'invitent au diner de fiançailles de Lex et Lana, et Clark enlève Lana et la force à choisir entre lui et Lex. Il essaye de tuer Lex jusqu'à ce que Martha arrive secrètement tenant dans ses mains une Kryptonite verte. Lex le poignarde avec un bout de ferraille. Cependant, aucun d'entre eux ne voient Lana recueillir le bout de ferraille plié.
En raison de son engagement avec Lex, Lana (et par extension, Clark) devient le centre des paparazzi. Clark évite d'utiliser ses pouvoirs à la Ferme parce qu'il a sent toujours qu'il est surveillé. Lana se cache à la Ferme à cause d'un harcellement et Clark apprend que Lana enquête sur lui depuis plusieurs mois. Toutefois, il l'a sauve encore une fois.
Tobias Rice révèle que Chloé est en fait un méta-humain et Chloé est enlevé. Clark et Jimmy l'a cherchent. Chloé demande à Clark de la passer au Rayon X et quand il trouve un dispositif de localisation de GPS à l'intérieur de son corps, elle le force à le brûler. Plus tard, il lui promet de l'aider à contrôler ses pouvoirs s'ils se développes.
Lorsque le jour du mariage de Lex et Lana arrive, Clark décide de révéler son secret à Lana. Cependant, à son insu, Lana assiste déjà à ses pouvoirs tôt dans la journée. Elle lui promet de le rencontrer à la grange où Clark à l'intention de lui demander sa main. Cependant, Lionel fait du chantage à Lana en passant par le mariage et Clark a le cœur brisé en voyant Lex et Lana échanger leurs vœux.
Irrité au sujet du mariage de Lana, Clark recours à la chasse aux méta-humains pour les remettre à la police. Après avoir obtenu une pointe d'Oliver, Clark trouve Titan, un Zoner présenté sur un Internet. Après avoir persuadé le maître de cérémonie, Richtor Maddox, de le laisser monter sur le ring, Clark doit se battre avec Loïs, qui avait essayé d'obtenir une histoire, mais a été capturé. Clark et Titan se batte, mais finalement Titan se fait tué par son propre pic.
Lorsque Chloé demande l'aide de Clark pour sauver sa mère qui est détenu en captivité par Lex, Clark réussi à sauver deux d'entre eux. Après un contrôle mental, Chloé tente de tirer sur Lex. Alors que Chloé prend des dispositions pour sa mère, Moira commence à tomber de nouveau dans son état catatonique, afin que Clark lui dit tout sur sa fille et ses réalisations.
Après que Lex est pris au piège dans une série de tunnels souterrains lacées avec de la Kryptonite, Lionel appelle Clark à son secours. Bien qu'il trouve Lex, il est blessé et s'affaiblit avec l'exposition des météorites. Lex l'aide et tandis qu'ils essayent de trouver une issue, ils analysent la rupture de leur amitié. Une fois que tout est passé, Clark révèle à sa mère qu'il se sent responsable de la descente de Lex dans le mal parce qu'il a trop donné sur lui
Après que Lana se soit fait tirer dessus au Daily Planet, Clark commence à soupçonner que Lionel a quelque chose à voir avec la décision de Lana à vouloir épouser Lex, il commence aussitôt à faire ses constatations.
Lorsque Loïs devient une cible pour le super-soldat Wes Keenan, Clark lui dit de rester avec lui à la Ferme des Kent et rend visite à Lana pour en savoir plus sur le projet Ares. Clark découvre que Lex prépare une armée de super soldats en utilisant les compétences des personnes infectées par les météorites.
Le jour du départ de Martha à Washington, Clark rencontre Lana à la grange où elle lui dit qu'elle quitte Lex et Smallville. Il veut qu'elle reste et puis lui dit la vérité sur lui-même, mais Lana insiste sur le fait qu'elle a besoin de quitter la ville pour le protéger de Lionel. Clark se rend au bureau de Lionel pour l'affronter, mais le Martian Manhunter arrive et explique que Lex est à la chasse du dernier fantôme et doit être arrêté. Lorsque Clark apprend que Lana est morte dans l'explosion d'une voiture piégée alors qu'elle tentait de quitter la ville, il va trouver Lex pour se venger, mais les deux sont confrontés par le dernier fantôme, qui reconnait Clark et lui a pris une partie de son A.D.N. pour se perfectionner. Le fantôme prend la forme de Clark, puis le l'éjecte du barrage Reeves, qui commence à se détruire.