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Le vaisseau noir arrive sur Terre et atterri dans un champ, libérant deux Kryptoniens nommés Nam-Ek et Aethyr. Ceux-ci, recherchent le fils de Jor-El, Kal-El, maintenant connu connu sous l'identité de Clark Kent, afin qu'il puisse libérer Zod. Aethyr et Nam-Ek lui offre la chance de se joindre à eux afin de recréer Krypton sur Terre avec Zod comme chef, mais Clark les place dans la Zone Fantôme. Brainiac doit alors créer une extension humanoïde de lui-même en se créant le personnage de Milton Fine, un professeur d'histoire à Central Kansas A&M. Bien qu'il enseigne à Clark sous son apparence humaine, Brainiac lui offre un emploi comme assistant dans ses recherches, expliquant qu'il a besoin d'aide en l'écriture pour un exposé sur les activités clandestines de LuthorCorp ; Plus tard, Clark accepte le poste malgré sa méfiance approfondit en Lex Luthor.

L'accès à LuthorCorp lui a permis d'obtenir des informations confidentielles sur ses projets top-secret. Il apprend du Projet 1138, le développement d'un vaccin pour une maladie vampirique qui a été causée lorsque des chauves-souris rupestres ont été exposés à des radiations de Kryptonite.

Plus tard, Clark est exposé à un morceau de Kryptonite argentée, et en vertu de ses effets inducteurs de paranoïa, il attaque sa petite amie Lana Lang dans le Manoir des Luthor. Fine arrive et l'arrête, dévoilant des capacités Kryptonienne, puis lui retire l'écharde du corps de son corps, le guéri. Mais avant de quitter les sous-sols du Manoir en super-vitesse, Fine lui révèle qu'il est comme lui, un Kryptonien. Plus tard, il rend une visite à Clark dans son loft et lui dit qu'il est là pour l'aider à trouver sa voie et empêcher la venue de Zod. Il tente de semer des graines de doute dans l'esprit de Clark sur la façon dont les humains sont indignes de confiance et déloyaux. Plus tard, il s'avère s'est Fine, lui-même qui a créé la Kryptonite argentée avec la substance métallique que compose son corps, et l'a envoyé à Lana afin que Clark en soit exposé.

Lorsque Martha Kent est infectée par une maladie Kryptonienne, mortelle, Clark demande à Fine de l'aider à la soigner. Fine profite de cette situation pour annoncer à Clark que Jor-El était un dictateur impitoyable et responsable de la destruction Krypton. Tard, le soir, il récupère un cristal noir dans son vaisseau afin que Clark puisse l'utiliser pour détruire la Forteresse de Solitude et arrêter Jor-El pour de bon. Une fois que lui et Clark entrent dans la Forteresse, Fine remet à Clark le cristal noir et lui demande de l'insérer dans la console de la Forteresse. Après que Clark ait ouvert un portail de la Zone Fantôme, Brainiac maîtrise Clark avec un morceau de Kryptonite verte avant de révéler sa vraie nature comme étant celui d'une intelligence artificielle créée par les Kryptoniens et que son intention est de libérer Zod de la Zone Fantôme.

Brainiac réussi presque son plan, mais sa victoire fut de courte durée lorsque Chloé Sullivan arrive à la Forteresse et éloigne la Kryptonite de Clark, qui par la suite, retire le cristal noir de la console, provoquant la fermeture du portail de la Zone Fantôme. Brainiac et Clark se battent, et le jeune homme empale Brainiac dans les cristaux. Une fois que Brainiac est vaincu, Martha est instantanément guérie. Dans le même temps, le vaisseau noir disparaît de l'Entrepôt 15.

Plusieurs mois après avoir été vaincu par Clark dans la Forteresse de Solitude, Brainiac a réussi à survivre, et vit encore dans sa forme humaine en tant que Milton Fine au Honduras. Sachant que Lex est à la recherche du vaisseau, Fine l'attire au Honduras et lui dit qu'il est devenu un agent du gouvernement pour une division secrète du Département d'Etat américain qui essaye de découvrir le nouvel emplacement du vaisseau noir. Il convainc Lex que les êtres qui sont sortis du vaisseau noir constituaient une menace pour la Terre, et qu'il avait besoin de LuthorCorp pour développer une façon de les battre. Plus tard, Brainiac créé trois copies de lui-même, dans lequel ils sont tous partis à la collecte d'échantillons de virus mortels.

Quelques temps après, Brainiac revient à Smallville sous l'apparence de Jonathan dans une tentative infructueuse de manipuler Clark à tuer Lionel Luthor.

Lex n'est pas au courant que Fine est lui-même la menace, et commence à travailler avec lui sur un projet top-secret : le Projet Mercury, un vaccin qui inoculerait des millions de personnes à toutes les maladies connues. Fine et Lex travaillent ensemble pendant plusieurs semaines jusqu'à ce que le vaccin soit prêt. Cependant, le jour où ils doivent se rencontrer pour discuter du produit fini, Lex a depuis, été averti par Lana, que Fine était mauvais. Lex doute des motivations de Fine et tenté d'utiliser la Kryptonite verte contre lui, mais il n'a aucun effet sur lui. Brainiac révélé qu'il a été créé par Kryptonien et force Lex à l'emmener à l'endroit où les virus se trouvent. En arrivant au laboratoire, Brainiac combine les virus qu'il trouve partout dans le monde, ainsi que le vaccin, il l'injecte dans le bras de Lex. Après avoir détruit le laboratoire, Fine s'échappe, et peu de temps après, Lex commence à développer des pouvoirs Kryptonien.

Le lenemain, le vaisseau noir enlève Lex et marque le sol avec le symbole de Zod. Fine est présent, et dit à Lana que Lex est en préparation, afin qu'il puisse devenir le vaisseau Kryptonien de Zod.

Pendant ce temps, l'une de ses copies pilote le jet de LuthorCorp que Martha et Lois Lane empruntent. Il coupe l'alimentation en oxygène, causant la perte de conscience de Martha et Lois.

Clark apprend que Fine travaille avec Lex, et se rend au Manoir pour avertir Lex. Brainiac apparaît et lui dit que s'il avait libéré Zod, Lex n'aurait pas été impliqué. Connaissant l'affection de Clark pour l'homme, Fine force la main de Clark en libérant un virus informatique qui s'étend dans toutes les plus grandes villes du monde, détruisant l'infrastructure électrique et provoquant un chaos généralisé. Entre-temps, Clark a reçu la Dague Kryptonienne de Jor-El pour détruire l'hôte de Zod, mais il ne peut se résoudre à tuer son ancien ami. Au lieu de cela, il lance le poignard sur Fine. Après avoir été empalé par le poignard, Brainiac a accès à la Forteresse de Solitude et libère l'esprit de Zod dans le corps de Lex. Avec cet acte,les copies de lui-même ont été détruits et renvoyés dans le vaisseau de noir.

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